Pokračovanie jeho kariéry by to nemalo výraznejšie poznačiť. Najprv v marci 2020 bol medzi prvými pozitívnymi cyklistami na pretekoch Okolo Spojených arabských emirátov a takmer dva týždne strávil s ľahkým priebehom v nemocnici. Po letnom reštarte sezóny vyhral etapy na pretekoch Okolo Burgosu a Tour du Limousin a tiež Giro della Toscana. Neskôr v októbri počas Giro d'Italia výsledkovo nepresvedčil a dôvodom bol opäť pozitívny výsledok testu na COVID-19.
Držiteľ 46 víťazstiev na profiokruhu a tradičný súper Petra Sagana v šprintérskych koncovkách etáp si pripísal na Corsa Rosa iba jedno siedme a jedno ôsme miesto. V bodovacej súťaži mu do jeho núteného odchodu patrila až 26. priečka. Počas zimy sa najprv dával zdravotne do poriadku, v decembri už začal s tréningom a na predsezónnom kempe UAE Team Emirates sa hlásil podľa vlastných slov v plnej sile.
"Podrobil som sa viacerým zdravotným testom ešte v novembri a lekári vrátane kardiológov skonštatovali, že všetky hodnoty sú v normále. Mal som síce niektoré známky prekonaného nachladnutia, ale s COVID-om to nemalo nič spoločné. To je dobré znamenie do sezóny. Fyzicky sa cítim dobre a som pripravený podstúpiť potrebné tréningové jednotky," uviedol Fernando Gaviria podľa webu cyclingnews.com.
Ak to situácia s koronavírusom dovolí, Gaviria sa tento rok vráti na Giro d'Italia, ale na Tour de France bude opäť chýbať. Po debute v roku 2018 sa tam neobjavil už ani raz. A to pri svojej premiére vyhral dve etapy a nosil aj žltý dres lídra pretekov. V tíme UAE Emirates logicky ohlásili obhajcu prvenstva Tadeja Pogačara ako lídra na Tour de France a Nóra Alexandra Kristoffa ako hlavného šprintéra do rýchlych koncoviek etáp. Gaviria sa zameria na etapové víťazstvá na Giro d'Italia, prípadne na zisk cyklámenového dresu pre víťaza bodovacej súťaže, ktorý tam získal v roku 2017.
"Mám rád Taliansko, vždy to tak bolo. Takže Giro je vždy dobrá voľba. Na Tour nepôjdem, ale chápem, že tím bude postavený okolo Tadeja Pogačara a tomu sa treba podriadiť," vysvetlil Gaviria. O svojom programe na začiatku sezóny zatiaľ nemá jasno, ale mal by absolvovať niektoré etapové preteky ako aj veľké klasiky. "Pred májovým Giro d'Italia bude v kalendári zopár významných pretekov. Možno pôjdem na Okolo SAE, čo sú naše domáce preteky a veľmi dôležité. Nasledovať bude Tirreno-Adriatico, monument Miláno - San Remo a potom aj niekoľko kockových klasík. Cieľom bude predstaviť sa všade v špičkovej forme," uzavrel Gaviria.