Biskupi tvrdia, že návrh novely predložený Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR vzbudzuje viaceré kontroverzie a nedostatky. Informuje o tom KBS na svojom webe.
Biskupi navrhujú, aby bola vyňatá pôsobnosť samosprávneho kraja vo veci určovania najvyššieho počtu žiakov prvého ročníka v dennej forme štúdia pre cirkevné a súkromné školy. Uvedenú kompetenciu žiada KBS preniesť na zriaďovateľa cirkevnej, respektíve súkromnej školy. Odvolávajú sa pritom na cieľ vlády SR "zjednotiť riadenie, financovanie a správu školstva tak, aby bola rešpektovaná autonómia zriaďovateľov cirkevných škôl v zmysle platných zmlúv medzi štátom a cirkvami a tiež zriaďovateľov súkromných škôl a školských zariadení, ktoré napĺňajú ústavný rámec práva na vzdelávanie."
Poukázali tiež na skutočnosť, že "vláda SR vyvinie úsilie na základe princípu rovného financovania každého dieťaťa a žiaka bez ohľadu na zriaďovateľa školy a školského zariadenia". Rovnakú zmenu navrhujú aj v zákone o štátnej správe v školstve a školskej samospráve.
KBS navrhuje, aby povinnou prílohou žiadosti o zaradenie školy alebo školského zariadenia do siete, ktorú predkladá ministerstvu ako zriaďovateľ štátom uznaná cirkev alebo náboženská spoločnosť, prípadne iná právnická osoba alebo fyzická osoba, nebol súhlas samosprávneho kraja. Ide o prípady jazykových škôl, základných umeleckých škôl a školských zariadení okrem škôl v prírode pre deti, žiakov a poslucháčov nad 15 rokov veku a stredné školy, školy v prírode, stredné školy pre žiakov so špeciálnymi výchovno-vzdelávacími potrebami, odborné učilištia a praktické školy na území samosprávneho kraja. Rovnako biskupi chcú, aby nebolo potrebné ani vyjadrenie príslušného orgánu školskej samosprávy.
KBS pripomienkovala aj iné ustanovenia, ktoré sa týkajú práv rodičov, práv detí nielen cirkevných škôl a hodnotových otázok.
K návrhu novely školského zákona aktuálne podľa rezortu školstva prebiehajú rozporové konania k uplatneným zásadným pripomienkam.