Považuje za nešťastné, ak je politikmi podrývaná dôvera v spravodlivosť. Pripomenula, že o väzbe nerozhoduje policajt alebo vyšetrovateľ na okresnom oddelení, ale na návrh prokuratúra o tom rozhoduje súd a veľakrát je to preverené v odvolacom konaní na Najvyššom súde SR.
"Chápem, že je to závažný zásah do ľudských práv, ale je to zásah, ktorý náš právny poriadok predpokladá, a je to náš legálny a legitímny spôsob vyšetrovania," poznamenala prezidentka. Nevidí tam spojenie ani s pojmom politický väzeň. Označila to za absolútne nevhodné, pretože takými boli ľudia stíhaní za slobodu prejavu alebo slobodu vyznania. Na margo zvolenia Daniela Lipšica za špeciálneho prokurátora Čaputová povedala, že hodnotovo nevníma žiadne lapsusy, ktoré by boli spojené s jeho kariérou politika alebo právnika.
Musí však byť podľa nej pozorný a zdržanlivý, aby sa nedostal do konfliktu záujmov alebo kolíznej situácie vzhľadom na svoju politickú minulosť. Lipšic môže presvedčiť iba poctivou prácou, ktorej výsledkom bude stíhanie všetkých, ktorí stíhaní majú byť bez ohľadu na to, či sú to jeho bývali spolustraníci, ľudia z opozície alebo koalície. "Jednoducho, ak naozaj preukáže, že špeciálna prokuratúra bude trestne stíhať na základe vecných dôkazov a na základe faktov a v súlade so zákonom, tak to bude najlepší spôsob, ako môže obstáť vo verejnej kontrole a vysvetliť všetky otázniky nedôvery," podotkla.