Vukušič začínal s trénerskou kariérou v nemeckom Rheinbachu v roku 1995, kde pôsobil štyri sezóny. Rovnako dlho trénoval následne aj v Ličartovciach, v roku 2004 sa podieľal na zisku Slovenského pohára pre Ružomberok. Na Slovensku viedol aj Košice, Trnavu a Nitru.
V Košiciach bude jeho asistentom Ivan Lapšanský, ktorý v minulosti spolupracoval s Vukušičom a zatiaľ naposledy bol asistentom Antona Šoltisa vo fortunaligovej Senici. Na poste asistenta pokračuje aj Rudolf Urban, trénerom brankárov zostal Branislav Benko. Informuje o tom oficiálny web druholigistu."Vážim si, že som dostal šancu pracovať vo svojom meste, de facto v domovskom klube. Začína tu niečo nové, projekt ma veľmi zaujal a ja verím, že to bude fungovať. Teším sa na spoluprácu s pánom Kozákom, on to celé spôsobil, že som tu. Sadli sme si, porozprávali sme sa o tom, čo sa v tomto klube a meste bude diať. Sú tu zaujímavé veci, nový štadión, má sa postaviť akadémia. Našli sme spoločnú reč a teším sa na spoluprácu,“ povedal Jozef Vukušič po príchode do košického klubu.