Komisia v závere správy sformulovala aj viacero odporúčaní vo vzťahu k výkonu väzby. Komisia napríklad upozorňuje na obmedzené možnosti zmysluplného trávenia času a vyslovila názor, že v danej oblasti je nevyhnutné vykonať systémové zmeny. V súvislosti s postupom zdravotníckych pracovníkov ZVJS pri dokumentovaní zranení nejasného pôvodu u obvinených a odsúdených osôb spôsobených v rámci výkonu väzby a výkonu trestu odňatia slobody Komisia odporúča aplikovať do postupov ZVJS Manuál o efektívnom vyšetrovaní a dokumentovaní mučenia a iného krutého a neľudského alebo ponižujúceho zaobchádzania. V súvislosti s postupom príslušníkov ZVJS pri používaní prostriedkov obmedzenia pohybu počas eskorty alebo predvádzania obvineného alebo odsúdeného Komisia odporúča prijať taký interný predpis, ktorým bude garantované individuálne vyhodnocovanie nevyhnutnosti použitia týchto prostriedkov so zohľadnením konkrétnej situácie a rizík, pričom pre potreby spätnej kontroly Komisia odporúča viesť o týchto dôvodoch písomné záznamy. Komisia tiež odporúča preveriť súčasný technický a bezpečnostný stav kamerových systémov a vykonať kroky k modernizácii a zlepšeniu ich fungovania. Komisia odporúča prijatie právnej úpravy, ktorou bude zabezpečená bezodkladná kontrola doručovanej písomnosti zo strany OČTK v prípade kolúznej väzby tak, aby v týchto prípadoch nedochádzalo k neodôvodneným prieťahom. Komisia víta iniciatívu ministerky spravodlivosti k zriadeniu odbornej komisie na prehodnotenie opatrení znižujúcich riziko samovražedného konania v podmienkach výkonu väzby a výkonu trestu odňatia slobody a rovnako víta medializované vyjadrenia ministerky o potrebe celospoločenskej diskusie o humanizácii väzenského systému.
