Beneš bol jedným z prvých lekárov, ktorí sa v bývalom Československu venovali neurochirurgii. Pôsobil v Ústrednej vojenskej nemocnici v Prahe a tiež v pražskej Fakultnej nemocnici Motol, kde založil a viedol unikátne oddelenie detskej neurochirurgie. Tam zažil i vrchol svojej odbornej kariéry.
Beneš sa narodil 27. januára 1921 v Plzni. Počas druhej svetovej vojny pracoval najskôr ako pomocný redaktor v najväčšom plzenskom denníku Nová doba. Potom bol zriadencom v tamojšej nemocnici, kde postupne prešiel všetkými oddeleniami a mnohokrát ošetroval zranených po náletoch.
Okrem operácií mozgu sa počas svojej profesionálnej dráhy zaujímal aj o problematiku poranení miechy. Na českom území bol prvým, kto sa liečbou pacientov s poranením miechy zaoberal komplexne a hľadal spôsoby, ako v tejto oblasti znížiť úmrtnosť.
V roku 1961 vydal odbornú publikáciu Poranenia miechy, ktorá bola preložená do množstva cudzích jazykov.
Po roku 1968 vystúpil z Komunistickej strany Československa (KSČ), čo mu skomplikovalo kariérny a akademický postup.
V 70. rokoch zorganizoval v Prahe neurochirurgický zjazd. O 20 rokov neskôr sa stal prezidentom Medzinárodného kongresu detskej neurochirurgie. Jeho syn a vnuk, obaja menom Vladimír, sú taktiež poprednými neurochirurgmi.
