Chorvátsko sa na začiatku druhej svetovej vojny dočkalo formálnej samostatnosti, v skutočnosti sa ale jednalo o štát plne závislý na ľubovôli Nemcov a Talianov, ktorého predstavitelia v mene svojho národa spáchali rad zločinov.
Najväčšie hrôzy sú spojené s koncentračným táborom Jasenovac, ktorý začal fungovať 20. augusta 1941 a kde zomreli desiatky tisíc ľudí. Posledných pár stoviek väzňov sa v ňom v noci koncom apríla 1945 pokúsilo prebiť na slobodu, prežila len zhruba stovka z nich. Tábor v bažinatej oblasti pri rieke Sáva, sto kilometrov východne od Záhrebu, sa začal budovať štyri mesiace po vzniku Nezávislého štátu Chorvátsko (NDH), vyhláseného 10. apríla 1941.
Centrom sa stala lokalita pri mestečku Jasenovac, kde významný chorvátskosrbský podnikateľ Lazar Bačić počas predchádzajúcich dekád vybudoval (Chorvátmi zhabanú) elektráreň, pílu, zlievareň - a tiež tehelňu, hlavné z piatich pobočiek tábora, rozkladajúceho sa na viac ako 200 kilometroch štvorcových po oboch brehoch rieky. Do Jasenovac začali ešte v lete 1941 prúdiť tisíce ľudí, nepohodlných novému ustašovskému režimu, ktorý viedol "poglavnik" Ante Pavelić. Radikálne hnutie Ustas, ktoré stálo napríklad za úspešným atentátom na juhoslovanského kráľa Alexandra I. v Marseille v októbri 1934, sa ujalo moci v Záhrebe ihneď potom, ako Juhoslávia padla pod náporom nemeckých a talianskych vojsk.
A rázne sa začalo vysporiadavať so všetkými skutočnými aj domnelými nepriateľmi novej totalitnej vlády. Zákon o obrane národa a štátu, platný od 17. apríla 1941, stanovil trest smrti pre všetkých, ktorí by "akýmkoľvek spôsobom narušili česť alebo životné záujmy chorvátskeho národa alebo akokoľvek ohrozili fungovanie NDH". Terčom perzekúciou sa stali najmä pravoslávni Srbi, žijúci pritom v Chorvátsku stovky rokov, ktorí prichádzali nielen o majetok - ako napríklad dedičia Lazára Bacica, ktorý zomrel v máji 1941 vo veku 76 rokov -, ale veľmi skoro aj o životy.
Práve v tábore v Jasenovac - mimochodom dobre dostupnom vďaka neďalekej hlavnej trati zo Záhrebu do Belehradu - zomreli počas troch rokov a ôsmich mesiacov desiatky tisíc Srbov. Vražedné vyčíňanie ustašovcov sa nevyhlo ani Rómom a Židom, v tábore umierali tiež politicky nepohodlní Chorváti, vrátane zajatých partizánov. Spôsoby, akým tunajší strážnici pripravovali väzňov o život, pritom pripomínali stredovek - veľkú časť obetí ubili kladivami a sekerami alebo zavesili na tunajšie jasene a topole. Neslávne sa to histórie zapísal zvláštne zakrivený nôž prichytený k malíčkovej hrane koženej rukavice, pôvodne používaný na prerezávanie povrazov na snopoch predtým, ako sa dali do mláťačky.
Ustašovští dozorcovia mu ale našli iné využitie, používali ho totiž k podrezávaniu hrdiel svojich väzňov. Traduje sa, že sa dokonca uskutočnili zvrátené preteky v tom, kto dokáže "srbosekom" zabiť viac väzňov, víťaz údajne zabil za jediný deň cez tisíc ľudí. Niektorí historici ale podobné historky spochybňujú. Uvádza sa, že krutosť, s akou chorvátski strážnici vraždili svojich zajatcov, šokovala aj otrlých nemeckých dôstojníkov. "Je to jeden z najstrašnejších táborov, ktorý znesie porovnanie iba s Danteho peklom," napísal jeden z nich. Záhrebský arcibiskup Alojzije Stepinac potom Jasenovac v roku 1943 liste Pavelićovi označil za "hanebný zločin, ktorý nebo potrestá". Napriek tomu tu vraždenie trvalo až do posledných dní tábora, ktorého zvyšky začiatkom mája 1945 obsadili juhoslovanskí partizáni.
Spory najmä medzi chorvátskymi a srbskými historikmi sa dlhé roky vedú o tom, koľko ľudí v Jasenovaci zahynulo. Za komunistickej Juhoslávie sa objavovali údaje o viac ako milióna mŕtvych, neuverejnené výskumy z polovice 60. rokov uvádzali približne 80.000 obetí, niektorí chorvátski historici pritom hovoria o menej ako 10.000 mŕtvych. V súčasnosti sa uvádza 80.000 až 100.000 mŕtvych, pamätník obetí v Jasenovaci píše o 83.145 obetiach (z toho 47.627 Srbov, 16.173 Židov, 13.116 Rómov a 4255 Chorvátov).
