Kovařík, ktorý sa stal policajným prezidentom 1. septembra 2020, vo funkcii vydržal rok. Za jeho koncom stojí obvinenie zo strany bratislavskej krajskej prokuratúry, že zmaril zadržanie ľudí podozrivých z krivých výpovedí, čím sa mal dopustiť zneužitia právomocí verejného činiteľa. Išlo o kauzu polemického zásahu pohraničiarov zo Sobraniec, ktorých si do Bratislavy povolala medzičasom už odstavená vyšetrovateľka Úradu policajnej inšpekcie ministerstva vnútra Diana Santusová. Pri akcii zadržali takáčovca Csabu Dömötöra, ktorý sa následne priznal, že sa v minulosti dopustil krivej výpovede.
Ďalší dvaja hľadaní, Peter Petrov a Matej Zeman prezývaný Tiger, mali uniknúť. Santusová zo zmarenia akcie viní práve Kovaříka, ktorý rozhodol o zastavení zásahu. Podľa Kovaříkovej verzie to bolo z jeho strany jediné logické rozhodnutie a, naopak, Santusová konala veľmi neštandardne. Akciu jej podľa neho napríklad neschválili dvaja priami nadriadení, schválenie si vymohla až od tretieho. Veľké pochybnosti vzbudzoval aj fakt, že si povolala policajtov až zo Sobraniec. Polemika vznikla aj okolo zadržania Zemana, ktoré podľa Santusovej Kovařík zmaril. Odchádzajúci policajný prezident oponuje tým, že Zeman bol v čase zásahu v Chorvátsku.
