Kovaříka obvinila Krajská prokuratúra (KP) v Bratislave 26. augusta zo zločinu zneužívania právomoci verejného činiteľa v súbehu so zločinom marenia spravodlivosti.
Mal zmariť prebiehajúci zásah zadržiavania, ako aj vykonanie trestnoprocesných úkonov s obvinenými osobami Matejom Zemanom a Petrom Petrovom. Kovařík obvinenie odmieta a podal voči nemu sťažnosť. "Zatiaľ nebolo o sťažnosti obvineného konané a rozhodnuté," uviedla hovorkyňa GP SR.
V závere augusta Kovařík informoval, že sa k 15. septembru vzdáva funkcie policajného prezidenta. Odísť chce do civilu.