Počas štyroch dní v Slovenskej republike absolvoval stretnutia s najvyššími predstaviteľmi štátu, zástupcami náboženských obcí, ale aj židovskej či rómskej komunity. Okrem Šaštína navštívil aj Bratislavu, Košice a Prešov.
Pred návratom do Vatikánu sa na letisku s pápežom rozlúčili traja najvyšší ústavní činitelia na čele s prezidentkou Zuzanou Čaputovou, s ktorou absolvoval aj krátke súkromné stretnutie. Pri odlete boli prítomní aj veľvyslanec SR pri Svätej Stolici Marek Lisánsky, štátna tajomníčka Ministerstva zahraničných vecí a európskych záležitostí SR Ingrid Brocková, primátor Bratislavy Matúš Vallo, zástupcovia náboženskej obce a Kancelárie prezidenta SR.
Pápežova návšteva v SR sa začala jeho príletom v nedeľu (12. 9.) popoludní. Na následnom ekumenickom stretnutí na Apoštolskej nunciatúre predniesol svoj prvý príhovor na Slovensku. V ňom povzbudil členov Ekumenickej rady cirkví v SR, aby pokračovali vo svojej ekumenickej ceste. Uviedol, že cesta ich komunít sa začala nanovo po rokoch ateistického prenasledovania, keď bola náboženská sloboda znemožnená alebo tvrdo skúšaná. Teraz podľa neho skúšajú, aké krásne, no i náročné je žiť vieru v slobode.
Po ekumenickom stretnutí sa pápež súkromne stretol s členmi Spoločnosti Ježišovej zo Slovenska.
