Prezidentka SR v pondelok (13. 9.) privítala Svätého Otca v Prezidentskom paláci, kde spolu hovorili medzi štyrmi očami. Obaja sa zároveň prihovorili asi 500 hosťom zo všetkých sfér politického a spoločenského života.
Pápež František vo svojom príhovore vyhlásil, že dejiny Slovenska pozývajú k tomu, aby bolo posolstvom pokoja v srdci Európy. Slovákov vyzval, nech z ich sŕdc nevymizne povolanie k bratstvu. Pandémiu nového koronavírusu označil za "skúšku našich čias". Ľudia by podľa neho mali túto krízu prijať ako "výzvu prehodnotiť náš životný štýl". Nemá zmysel sa podľa pápeža sťažovať na minulosť, treba si vyhrnúť rukávy a spolu budovať budúcnosť. Vyzdvihol význam spravodlivosti, starostlivosti o najslabších a varoval pred konzumom, materializmom a ideologickou kolonizáciou.
V Katedrále sv. Martina v Bratislave sa Svätý Otec stretol s biskupmi, kňazmi, zasvätenými osobami, seminaristami a katechétmi. Vo svojom príhovore zdôraznil, že cirkev má byť znakom slobody a prijatia. Rovnako má byť pokorná. Vyzdvihol slobodu, tvorivosť a dialóg ako aspekty, ktorými sa má cirkev riadiť. Jej predstaviteľov poprosil, aby nepodľahli pokušeniu okázalej nádhery a svetskej veľkoleposti. Vyzval ich nebáť sa formovať ľudí tak, aby mali zrelý a slobodný vzťah k Bohu. Zdôraznil, že centrom cirkvi nie je cirkev.
V pondelok popoludní sa pápež stretol s emeritným trnavským arcibiskupom Róbertom Bezákom na pôde Apoštolskej nunciatúry v Bratislave. Stretnutie nebolo v oficiálnom programe apoštolskej cesty.
Pápež v pondelok navštívil aj centrum Betlehem v bratislavskej Petržalke. Navštívil tam ťažko chorých. Predtým sa prihovoril aj rodinám s deťmi, ktoré ho čakali pred centrom.
Na Rybnom námestí v Bratislave, na mieste bývalej židovskej synagógy, sa stretol pápež s predstaviteľmi židovskej komunity. Zdôraznil, že viera nesmie predstavovať vyšší princíp, ktorým bude zdôvodnená diskriminácia a útlak.
Utorok (14. 9.) strávil pápež na východe Slovenska. V liturgickom priestore pred mestskou športovou halou v Prešove odslúžil pápež František liturgiu sv. Jána Zlatoústeho. V homílii poukázal na význam kríža a vydávanie svedectva. Veriacich vyzval, aby si zachovali spomienku na osoby, ktoré ich živili a vychovávali vo viere.
