Zmienil sa o vzťahoch s Úradom špeciálnej prokuratúry a hovoril o spochybňovaní osoby generálneho prokurátora.
Žilinka sa spýtal, čo je to za výrok predsedu jedného z výborov parlamentu, ktorý povedal, že špeciálna prokuratúra by ocenila, keby jej generálna prokuratúra kryla chrbát a nepodrážala nohy. „Čo to je za výrok? Ja som neskladal sľub preto, aby som niekomu kryl chrbát,“ poznamenal a dodal, že chrbát bude kryť každému podriadenému prokurátorovi, ktorému sa bude diať skrivodlivosť.
Za spochybňovanie osoby generálneho prokurátora Žilinka považuje aj to, keď predseda ďalšieho významného výboru parlamentu verejne prezentoval názor, že je dôležitejšie, aby sa koalícia dohodla na tom, aké bude mať generálny prokurátor právomoci pri zasahovaní do trestného konania. Podľa neho ak orgány prokuratúry nekompromisne reagujú na porušenie zákona, je to impulz, keď občania vidia a pociťujú, že je tu orgán, ktorý je nestranný a objektívny.
Kritizoval výroky politikov spochybňujúce generálneho prokurátora či jeho kompetencie a rozhodnutia, ako aj zasahovanie do kompetencií Generálnej prokuratúry (GP) SR. "To nie je o generálnom prokurátorovi. Neprežívam slastné chvíle, keď podpisujem rozhodnutia, že človek bol vo väzbe, aj keď nemal byť vo väzbe, a že boli porušené jeho práva. Mne to nespôsobuje radosť," skonštatoval v súvislosti s nedávnymi rozhodnutiami. Zdôraznil, že prokurátor nikdy nerozhoduje politicky a nebude tak robiť ani on.
Zopakoval, že nie je žiadny štatista, ktorý podpíše všetko, čo si niekto žiada. Kritizoval najmä diskusiu o zmene právomocí generálneho prokurátora len "pre dve rozhodnutia", ktoré sa niekomu nepáčia. Nakladanie s paragrafom 363 označil za otázku dodržiavania zákona aj elementárnej dôvery v objektívnosť a nestrannosť GP.
Podčiarkol, že tieto ustanovenia sú tu pre občanov, a tí musia cítiť prítomnosť inštitútu, ktorý je nad vecou a háji ich práva či napráva prípadné chyby. Zdôraznil potrebu rešpektovať, keď kompetentný orgán v rámci svojich zákonných možností rozhodne, že došlo k porušeniu. Unáhlenými zmenami zákona sa podľa neho poškodia práve občania.
V súvislosti so zriadenou odbornou komisiou pre obnovu dôvery v právny štát poznamenal, že z nej nemá žiadne výstupy hovoriace o navrhovaných zmenách. Podotkol, že GP pritom mala svojho zástupcu na rokovaní. Pýta sa, ako má toto všetko prispieť k zvýšeniu dôvery v právny štát. Otvorenosť prokuratúry podľa neho neznamená anarchiu ani možnosť vyhlasovania vyjadrení spochybňujúcich konanie prokuratúry.
Žilinka v poslednom období čelil kritike po tom, čo generálna prokuratúra zrušila obvinenie bývalému riaditeľovi Slovenskej informačnej služby Vladimírovi Pčolinskému a finančníkovi Jaroslavovi Haščákovi. Následne začali politici intenzívne hovoriť o úprave právomocí generálneho prokurátora či o samostatnejšom postavení Úradu špeciálnej prokuratúry, ktorú vedie Daniel Lipšic.
