Kontrolóri tiež zistili, že NDS si v rokoch 2019 a 2020 objednala od externých firiem služby v oblasti verejného obstarávania za niekoľko desiatok tisíc eur napriek tomu, že spoločnosť mala na to vlastný odbor so 16 zamestnancami. Upozornili, že manažment NDS nemal ani súhlas predstavenstva na využívanie externých firiem.
Kontrola tiež poukázala na nedostatky v procese verejného obstarávania pri výstavbe úseku D3 Svrčinovec - Skalité. NDS začala projekt realizovať bez toho, aby mala zabezpečené finančné krytie. Lehota výstavby sa neustále predlžovala. K zmluve o dielo z roku 2013 uzatvorila spoločnosť 14 dodatkov. Vládny audit identifikoval porušenie pravidiel pri použití európskych prostriedkov a následne došlo k vyčísleniu neoprávnených výdavkov vo výške viac ako 43 miliónov eur.
Nezrovnalosti sa tak ukazujú ako významné riziko, ktoré má nepriaznivý vplyv na štátny rozpočet. Podľa NKÚ majú pri štyroch diaľničných úsekoch za prvý polrok dosiahnuť výšku 160 miliónov eur. Najväčšia suma sa týka úseku D1 Hričovské Podhradie – Lietavská Lúčka. Len na tomto mieste sa odhaduje, že sa nezrovnalosti vyšplhajú na 80 miliónov eur. Diaľnica síce bola stavebne dokončená už niekoľko mesiacov pred otvorením, problémom bol však privádzač do Žiliny.
"Množstvo európskych peňazí, ktoré sme stratili na nezrovnalostiach, zaplatíme zo štátneho rozpočtu. Chyby diaľničnej spoločnosti spôsobené zlým riadením a chybne nastavenou vnútornou kontrolou musí riešiť vláda aj tým, že chýbajúce peniaze ukrojí z iných svojich priorít. Rezort dopravy a súčasné vedenie NDS by preto mali pomenovať tých, ktorí za tento stav zodpovedajú a mali by voči nim vyvodiť dôsledky aj na úrovni trestnoprávnej zodpovednosti," dodal Mitrík.
Kontrolóri upozornili aj na ďalšie riziko, ktoré môže mať dosah na štátny rozpočet a negatívne sa premietnuť do termínov ukončenia dopravných stavieb. Ide o výrazný nárast cien stavebných materiálov. NKÚ odporúča rezortu dopravy, aby v súčinnosti s ministerstvom financií hľadal úpravu platnej legislatívy, vďaka ktorej bude možné uplatniť princípy efektívneho a hospodárneho nakladania s verejnými či európskymi prostriedkami.