Sčasti tak vyhovel návrhu verejnej ochrankyne práv SR Márie Patakyovej, ktorá napadla viaceré ustanovenia týkajúce sa najmä rozsahu, v akom sú orgány verejného zdravotníctva oprávnené nariaďovať opatrenia v súvislosti s izoláciou a karanténou.
V nesúlade s ústavou je časť zákona, ktorá sa týka nariaďovania izolácie osobám mimo domáceho prostredia. Ide pritom o pozbavenie osobnej slobody. "Izolácia v zdravotníckom zariadení, prípadne v inom určenom zariadení v spojení s legálnou definíciou izolácie, ako aj absencia procesnoprávnych záruk osobnej slobody" viedli ÚS k záveru o nesúlade s ústavou. O rozhodnutí informovali predseda ÚS Ivan Fiačan a sudca spravodajca Martin Vernarský. Za protiústavné označil ÚS aj napadnuté ustanovenia v častiach o karanténnych opatreniach. Podľa jeho zistení "právny poriadok pre prípad karantény ako pozbavenia osobnej slobody nedostatočne určuje zákonné medze uvedeného základného práva a neposkytuje náležité procesné záruky" vyplývajúce z ústavy a Dohovoru o ochrane ľudských práv a základných slobôd.
V rozpore s ústavou sú taktiež ustanovenia, podľa ktorých ministerstvo zdravotníctva alebo úrad verejného zdravotníctva pri ohrození verejného zdravia nariaďujú ďalšie "opatrenia na ochranu verejného zdravia, ktorými môže zakázať alebo nariadiť ďalšie činnosti v nevyhnutnom rozsahu a na nevyhnutný čas". Podľa ÚS ide o nesúlad s ústavnými normami zakotvujúcimi požiadavky na určovanie medzí základných práv slobôd. "Šírka formulácie oboch napadnutých ustanovení ('ďalšie opatrenia') neposkytuje potrebné záruky ochrany jednotlivca pred svojvoľnými zásahmi do základných práv a slobôd, čím určovanie medzí základných práv a slobôd vyhradené zákonodarnej moci neprípustne prenecháva podzákonnej normotvorbe," konštatoval v náleze ÚS.
ÚS nevyhovel navrhovateľke v časti, v ktorej napádala ustanovenie o uhrádzaní nákladov spojených s plnením povinností zákona, ako aj ďalších predpisov o ochrane verejného zdravia, tým, kto je nimi povinný. "Dňom vyhlásenia nálezu Ústavného súdu v Zbierke zákonov SR stratia účinnosť vykonávacie predpisy vydané na vykonanie nesúladných ustanovení, respektíve ich častí, zákona o ochrane verejného zdravia," uviedol Fiačan. Strata účinnosti neústavných ustanovení má právne účinky do budúcnosti, preto nezakladá náhradové nároky v dôsledku nariadených opatrení v minulosti
