Podľa knihy El Chapo nariadil, aby nemenovanú väzenkyňu, ktorá odmietla jeho návrhy, surovo zbili a znásilnili. Novinárka ďalej uvádza, že drogový kráľ si nechal do väzenia nosiť jedlo z najlepších mexických reštaurácií a údajne si nechal doručovať aj Viagru.
El Chapo sa v roku 1993 dostal do väzenia za svoju úlohu pri atentáte na kardinála Juana Jesusa Posadasa Ocampa, ktorého zastrelili na parkovisku medzinárodného letiska v Guadalajare. Katolícky biskup sa dostal do paľby medzi súperiacimi obchodníkmi s drogami a pomýlili si ho s drogovým bossom.
Vodca kartelu utiekol v januári 2001. Oficiálna verzia bola, že opustil väzenie vo vozíku na bielizeň, ale podľa Henandezovej El Chapo opustil budovu oblečený ako policajt „so spoluúčasťou mnohých federálnych úradov“. V roku 2019 bol v USA odsúdený na doživotie za obchodovanie s drogami a odpykáva si doživotný trest vo väznici s maximálnym stupňom stráženia v Colorade.
