Novozvolený 78-ročný pápež si vybral meno Benedikt XVI. Stal sa nástupcom pápeža Jána Pavla II. Počas svojej prvej zahraničnej cesty, ktorá viedla v auguste 2005 do rodnej krajiny, navštívil ako prvý pápež v Nemecku synagógu. Benedikt XVI. oznámil 11. februára 2013, že sa dobrovoľne vzdá pontifikátu. Svoje rozhodnutie zdôvodnil tým, že v dôsledku pokročilého veku už nemá dostatok síl na ďalšie vykonávanie úradu.
"Z tohto dôvodu a s vedomím vážnosti tohto kroku, s plnou slobodou vyhlasujem, že sa vzdávam služby rímskeho biskupa, následníka svätého Petra," uvádzalo sa vo vyhlásení pápeža, ktoré zverejnil Vatikán. Jeho rezignácia nadobudla platnosť 28. februára 2013. Po odstúpení z čela katolíckej cirkvi vyhlásil, že zvyšok svojho života chce stráviť v modlitbách ukrytý pred svetom. Od mája 2013 žije v Kláštore Matky Cirkvi, ktorý sa nachádza vo Vatikánskych záhradách.
V septembri 2020 sa stal Benedikt XVI. najstarším pápežom v dejinách, keď prekonal dovtedy najdlhšie žijúceho pápeža Leva XIII. (Lea XIII.), ktorý zomrel v roku 1903 vo veku 93 rokov, štyri mesiace a tri dni. Emeritný pápež Benedkt XVI. požiadal vo februári 2022 listom o odpustenie všetky obete sexuálnych útokov spáchaných v čase svojho pôsobenia na čele mníchovsko-freisinskej diecézy.
Tento list sa objavil necelé tri týždne po zverejnení správy, ktorá obvinila Benedikta z toho, že o zneužívaní neplnoletých vedel, ale nekonal. "Každý jednotlivý prípad sexuálneho zneužívania je strašný a nenapraviteľný. Obetiam sexuálneho zneužívania vyjadrujem hlboký súcit a ľutujem každý jednotlivý prípad," napísal emeritný pápež.
