Návrh na neho podal generálny prokurátor Maroš Žilinka za to, že mal postupovať v rozpore s princípom zdržanlivosti, ako aj internými normami prokuratúry.
"V živých veciach je potrebné zachovávať v styku s médiami zdržanlivosť," zdôraznil prvý námestník generálneho prokurátora Jozef Kandera. Disciplinárneho previnenia sa mal Lipšic dopustiť mediálnym stanoviskom z júla 2021, keď mal komentovať prípad v dozore bratislavskej krajskej prokuratúry. Kandera upozornil, že špeciálny prokurátor nerešpektoval pokyn generálneho prokurátora nevyjadrovať sa k prípadom iných prokuratúr.
Lipšic je toho názoru, že sa pokyn týkal len prokurátorov krajských a okresných prokuratúr. "Dané ustanovenie je podľa mojej mienky neaplikovateľné na prokurátorov Úradu špeciálnej prokuratúry," dodal. Tvrdí, že sa nedopustil žiadneho disciplinárneho previnenia. Tiež, že v poslednom čase nezaregistroval žiadne vyjadrenie vedenia generálnej prokuratúry, ktorým by sa zastalo prokurátorov Úradu špeciálnej prokuratúry (ÚŠP) pri útokoch vedených na nich.
Návrh na začatie disciplinárneho konania podal generálny prokurátor Maroš Žilinka 13. augusta 2021. Argumentoval, že špeciálny prokurátor mal postupovať v rozpore s princípom zdržanlivosti, ako aj internými normami prokuratúry. Bez znalosti spisu verejne, špekulatívne a zavádzajúcim spôsobom mal polemizovať o vznesení obvinenia voči vyšetrovateľom špecializovaného tímu Úradu inšpekčnej služby v právoplatne neskončenej trestnej veci. Lipšic vyhlásil, že generálny prokurátor bol informovaný o nezákonnostiach postupu Úradu inšpekčnej služby.
