V súvislosti s rozsudkom ŠTS o podporovaní zločineckej skupiny sa v odvolaní argumentuje, že dosiaľ nebola existencia zločineckej skupiny preukázaná. Obhajoba tiež namietala, že súd argumentoval existenciu zločineckej skupiny aj obvineniami, teda procesmi, v ktorých ešte nebolo rozhodnuté o vine danej osoby. Rovnako poukázala na to, že súd argumentoval prípadmi, v ktorých boli uzavreté dohody o vine a treste. Spochybnil teda výpovede tzv. spolupracujúcich obvinených.
V súvislosti s odsúdením pre prijímanie úplatku sa upozorňuje napríklad na rozpory vo výpovediach svedkov. Namieta sa aj to, že nebolo špecifikované, aké informácie mal Kováčik nezákonne poskytovať. Obhajobe tiež prekáža, že prvostupňový súd nevylúčil z pojednávania verejnosť. Ohradila sa aj voči tomu, že nebolo možné meniť poradie výsluchov.
Kováčik šéfoval Úradu špeciálnej prokuratúry od septembra 2004 do novembra 2020. Národná kriminálna agentúra ho zadržala koncom októbra 2020. Svojej funkcie sa vzdal krátko po vznesení obvinenia.
V tomto prípade čelí obžalobe zo zločinu založenia, zosnovania a podporovania zločineckej skupiny, zo zločinu prijímania úplatku, zo zločinu zneužívania právomoci verejného činiteľa a z prečinu ohrozenia dôvernej a vyhradenej skutočnosti. Odvolací proces na Najvyššom súde SR sa začal vo štvrtok. Kováčikova manželka Iveta, ktorá taktiež podávala odvolanie, na pojednávanie neprišla.
