Výsledky kontroly ukázali, že vnútorný audit JAVYS-u vykonával činnosti, ktoré nesmú byť v jeho kompetencii, a do nastavenia výkonu vnútorného auditu boli zapojené aj iné organizačné zložky. Vnútorný audit si podľa NKÚ ako súčasť vnútorného kontrolného systému neplnil svoju základnú funkciu – pomáhať manažmentu spoločnosti v rozhodovaní. Za obdobie desiatich rokov neformuloval žiadne významné zistenia.
Ako nedostatočnú vyhodnotil NKÚ tiež činnosť Dozornej rady JAVYS-u. Úrad zistil, že bola iba pasívnym príjemcom informácií, a aktívne nepožadovala od manažmentu spoločnosti informácie a vysvetlenia rizík a stavu implementácie projektov a dosahovaného progresu pri vyraďovaní V1.
Proces vyraďovania jadrových zariadení spolu s podpornými aktivitami súhrnne zaťaží štátny rozpočet sumou 4,2 miliardy eur. NKÚ preto Výboru Národnej rady (NR) SR pre hospodárske záležitosti odporučil požiadať ministra hospodárstva o zasielanie správy o stave plnenia termínov implementácie záverečného projektu vyraďovania V1 vrátane informácie o riadení rizika v pravidelných mesačných intervaloch. Zároveň odporúča zabezpečenie aktualizácie Stratégie záverečnej časti mierového využívania jadrovej energie v SR.
Reakcia spoločnosti JAVYS
"Spoločnosť JAVYS rešpektuje zistenia NKÚ s najvyššou vážnosťou a tieto budú v plnej miere postupne v daných termínoch zapracované do procesov spoločnosti," reagovala na výsledky kontroly hovorkyňa JAVYS Miriam Žiaková. Pripomenula, že kontrola NKÚ bola vykonaná z podnetu generálneho riaditeľa JAVYS-u Pavla Štullera. "Už počas samotného výkonu kontroly NKÚ spoločnosť postupne prijímala potrebné opatrenia a zmeny vnútorných predpisov. K všetkým zisteniam boli prijaté adekvátne opatrenia na nápravu a k dnešnému dňu bolo do interných riadiacich procesov implementovaných takmer 90 % opatrení, ktoré vyplývali zo zistení NKÚ," dodala Žiaková.