Počas druhej svetovej vojny sa spolu so svojimi najbližšími viac ako dva roky (presne 761 dní) skrývala Anna pred nacistami v centre Amsterdamu v dome na ulici Prinsengracht 263. V stredu 6. júla uplynie 80 rokov odvtedy, čo sa pre ňu uzavrel okolitý svet a útočisko našla v úkryte. Anna Franková sa konca vojny nedočkala. Zomrela na týfus vo februári 1945 v koncentračnom tábore Bergen-Belsen, len niekoľko dní predtým zomrela aj jej o tri roky staršia sestra Margot.
Po Anne zostal denník, ktorý dostala 12. júna 1942 ako darček k svojim trinástym narodeninám. Od tohto dátumu až do 1. augusta 1944 v ňom zachytávala očami dievčatka hrôzostrašnú realitu, všetko to, čo sa dialo okolo nej. Denník Anny Frankovej zostal ako memento krutosti nacistického režimu. Práve pred ním musela jej rodina utiecť, opustiť rodné Nemecko a z Frankfurtu nad Mohanom sa presťahovať do Amsterdamu. Keď však nacisti vtrhli 10. mája 1940 do Holandska, aj tam začali platiť protižidovské zákony.
Anna Franková ich neskôr opísala aj vo svojom denníku: "Židia musia nosiť židovskú hviezdu, Židia musia odovzdať bicykle, Židia nesmú cestovať električkou, môžu nakupovať len od 15.00 do 17.00, od 20.00 do 06.00 nesmú vyjsť na ulicu, nesmú navštevovať divadlá, kiná ani zábavné podniky." Vtedy ešte netušila, že tieto riadky budú čítať ľudia na celom svete.
Jej otec Otto Frank začal už po prepadnutí Holandska premýšľať o tom, že sa s celou rodinou skryje v úkryte. Definitívne sa rozhodol po tom, čo v tom čase 16-ročnú Margot povolali nacisti 5. júla 1942 do pracovného tábora. Hneď na druhý deň, 6. júla 1942, sa presunuli do zadného traktu domu na ulici Prinsengracht, kde bol starostlivo pripravený úkryt. Viedol do neho jediný vchod cez dvere ukryté za špeciálnou otočnou knižnicou. Spolu s rodinou a ďalšími štyrmi Židmi v ňom Anna strávila viac ako dva roky, až do 4. augusta 1944, keď po prezradení vtrhla do úkrytu polícia. Dodnes nie je úplne isté, kto prezradil túto skrýšu nacistom.
Anna Franková v denníku verne zachytila život v úkryte, najmä všetky peripetie medzi jeho múrmi, dusivú atmosféru, zmeny ľudských charakterov. Nikto nebol ani na chvíľu sám, nesmel sa nahlas zasmiať ani plakať. Celý čas v sebe osem obyvateľov skrýše dusilo zlosť, napätie či strach. Do denníka pretavila aj všetky svoje pocity a na jeho stránkach možno jasne vidieť prerod malej, bezstarostnej Anny na rýchlo dospievajúce dievča.
Keď Anna Franková na jar roku 1944 počula ministra kultúry holandskej exilovej vlády v Spojenom kráľovstve, ako v Radiu Oranje vyzýva obyvateľov, aby zachovali svoje denníky a iné dokumenty z vojnových čias, rozhodla sa prepracovať svoj denník do podoby knihy. Avšak nestihla ju dokončiť celú. Jediný zo židovskej rodiny prežil druhú svetovú vojnu Annin otec, ktorý splnil prianie svojej dcéry a uverejnil jej knihu. Denník Anny Frankovej vyšiel v roku 1947.
Príbeh trinásťročného židovského dievčatka žije v rôznych podobách dodnes a to nielen v amsterdamskom Dome Anny Frankovej, ktorý je od roku 1960 múzeom. Najnovšie ho zachytáva snímka izraelského režiséra, držiteľa Zlatého glóbusu, Ariho Folmana pomocou imaginárnej kamarátky Kitty, ktorej Anna napísala a venovala svoj denník. Rodinný animovaný film Kde je Anna Franková mal na Slovensku premiéru len nedávno - 1. júna 2022.