Niekoľko mesiacov po odchode do „basketbalového dôchodku“ s majetkom viac ako 73 miliónov dolárov mal niekoľko problémov s políciou v srbskom Belehrade. Tá našla drogy a zbrane v aute s americkými poznávacími značkami, ktoré bolo prihlásené na Pekovičovo meno. Súčasný prezident Čiernohorskej basketbalovej federácie síce v aute nebol, ale nachádzali sa v ňom Radojko Tomaševič a Ivan Goločeva, ktorí majú úzke väzby na známych priekupníkov s drogami - bratov Darka a Duška Šaričovcov.
Týmto sa však príbeh neskončil. Polícia predvolala Pekoviča na výsluch, pričom ten nikdy nepoprel, že je priateľom Duška Šariča, navyše povedal, že je krstným otcom jeho syna.
Ako referuje AS, 36-ročný Pekovič v súčasnosti okrem spomenutej basketbalovej funkcie vlastní hotel a nočný klub, pričom oba objekty sú spájané s Duškom Šaričom, ktorý si odpykáva trest odňatia slobody. V Srbsku a Čiernej Hore podľa mnohých zdrojov už „o Pekovičovi nikto nehovorí ako o bývalom basketbalistovi, ale ako o mafiánovi“. V roku 2013 bol pritom štatisticky najlepším európskym pivotom v zámorskej profilige a mal lepšie čísla ako ikonickí španielski bratia Pau a Marc Gasolovci.
Takýto životný štýl nie je v súvislosti s NBA ojedinelý prípad. Caron Butler, niekdajší hráč a v súčasnosti asistent trénera v Miami Heat, sa priznal, že bol v minulosti spájaný s drogovými dílermi, pričom do tohto „biznisu“ sa dostal už v jedenástich rokoch. Dnes tvrdí, že sa snaží pomôcť iným nájsť lepšiu cestu, než ktorou sa uberal on ako dieťa.