Pohrebné obrady vo Vatikáne sa uskutočňujú podľa zvyklostí pri pohreboch členov kardinálskeho zboru. Omša sa slávila v latinčine a taliančine s liturgickými rúchami tmavočervenej farby. Pri oltári katedry v zadnej lodi baziliky ju spolu s kardinálmi, arcibiskupmi a biskupmi celebroval dekan kardinálskeho zboru. Tým je taliansky kardinál Re, ktorého s Tomkom spájalo dlhoročné priateľstvo.
V závere eucharistického slávenia pápež František predsedal obradu posledného odporúčania (ultima commendatio) a rozlúčky (valedictio). Oblečený v liturgickom plášti pluviál osobne predniesol modlitby nad rakvou.
Na obradoch vo Vatikáne sa zúčastnili aj slovenskí biskupi. Ako informovala Tlačová kancelária Konferencie biskupov Slovenska (KBS), ich delegáciu v talianskej metropole viedli bratislavský arcibiskup metropolita Stanislav Zvolenský a košický arcibiskup metropolita Bernard Bober.
Ako na omši uviedol dekan kardinálskeho zboru Giovanni Battista Re, so zosnulým Tomkom odišla osobnosť s pevnou vierou, so skutočnou spiritualitou a živým cirkevným cítením.