Zatknutie novinárov a útok na slobodu tlače vyvolal v Nemeckej spolkovej republike značné pobúrenie a vlnu protestov i demonštrácií. Médiá prezentovali celú kauzu ako exemplárny príklad zneužitia štátnej moci.
O afére Spiegel sa diskutovalo aj v Spolkovom sneme. Franz Josef Strauß spočiatku všetky obvinenia odmietal, ale neskôr vyšlo najavo, že nehovoril pravdu a dokonca dal podnet na zadržanie autora článku Ahlersa v zahraničí. Pod tlakom dôkazov napokon 30. novembra 1962 z ministerského postu vo vláde kancelára Adenauera odstúpil. O štyri roky neskôr sa do vlády opäť vrátil, ale to už do kabinetu kancelára Kurta Georga Kiesingera ako minister financií.
Po štyroch týždňoch sa mohli zamestnanci časopisu Der Spiegel vrátiť do svojich redakčných priestorov. Postupne boli z vyšetrovacej väzby prepustení autori článku: Conrad Ahlers po 56, Hans Schmelz po 81 dňoch a vo februári 1963, po 103 dňoch, opustil väzenie ako morálny víťaz aj vydavateľ Rudolf Augstein.
Aféra sa skončila výrazným zvýšením popularity týždenníka Der Spiegel, ktorý dokázal zvýšiť svoj náklad z 500.000 na 700.000 výtlačkov a plne sa etabloval ako "ochranný štít demokracie".
