V 6. storočí bola oblasť ohrozovaná nájazdmi arabských bojovníkov. Aby boli pozostatky v bezpečí, zrejme ich preniesli do Myry. Pravosť pozostatkov a ich zázračnú silu malo dosvedčovať to, že každý rok vytekala zo sarkofágu s jeho kosťami číra tekutina voňajúca po ružiach. Ani tu však nemal Mikuláš nájsť večný pokoj. V 11. storočí zažívala Malá Ázia nepokojné časy. Oblasť okolo Myry sa dostala do rúk seldžuckým Turkom a kresťania v západnej Európe mali obavy, že sa preto ako pútnici nedostanú k svojmu obľúbenému svätému.
Na jar v roku 1087 preto talianski námorníci z mesta Bari priplávali do Myry, otvorili sarkofág a časť pozostatkov svätca odviezli. Dodnes sú uchovávané v Basilice di San Nicola v Bari. V roku 1100 sa pri meste zastavila benátska flotila, ktorá odviezla zvyšné pozostatky svätého Mikuláša do Benátok.
Prekvapenie pod podlahou
Dlhé storočia sa verilo, že v chráme v Myre už žiadne pozostatky po Mikulášovi nie sú. Chrám bol vybudovaný v roku 520, na mieste pôvodného kostola, v ktorom biskup pôsobil. Tento kostol slúžil veriacim po stáročia, hoci ho silno poznačili záplavy spôsobené stúpajúcou hladinou neďalekého mora. V roku 1862 ruský cár Mikuláš I. nariadil jeho opravu a dokonca dal pristaviť vežu. Chrám bol definitívne opustený až po prvej svetovej vojne, keď museli ortodoxní kňazi mesto medzitým premenované na Demre opustiť.
Archeológom však záhada Mikulášových pozostatkov nedala spávať. Pri prieskume kostola objavili pod mozaikami staršiu podlahu. Netrvalo dlho, kým prišlo potvrdenie, že patrila pôvodnému chrámu, v ktorom pôsobil slávny svätec, bola to podlaha, po ktorej dennodenne kráčal.
