Ako profesor farmakológie na Univerzite v Brne pôsobil v roku 1997. V rokoch 1998-2001 bol tiež profesorom zdravotníckeho manažmentu na Univerzite v Scrantone v USA.
Vladimír Krčméry sa zaslúžil o vznik niekoľkých vzdelávacích inštitúcií na Slovensku. Pomáhal s obnovou Trnavskej univerzity, na ktorej založil zdravotnícku sekciu a fakultu zdravotníctva a bol jej prvým dekanom. Počas tohto obdobia začal pôsobiť v Keni, kde boli s jeho pomocou otvorené rozvojové humanitárne, vedecké aj vzdelávacie projekty. Pomáhal budovať aj Slovenskú zdravotnícku univerzitu v Bratislave.
Súkromnú Vysokú školu zdravotníctva a sociálnej práce sv. Alžbety (VŠZaSP) v Bratislave, ktorá má viaceré detašované pracoviská v Európe a Afrike, založil v roku 2002. So školou rozbehol úspešný projekt detských domovov House of Family v Kambodži. Do roku 2013 bol rektorom a štatutárnym zástupcom školy, na ktorej založil Tropický tím.
