Čestné doktoráty dostal na viacerých univerzitách v zahraničí. V roku 2005 na univerzite v Českých Budějoviciach, o tri roky neskôr na univerzite v Scrantone. V roku 2012 ocenili jeho prácu čestným doktorátom na univerzite vo Varšave a v roku 2015 na Cambridgeskej univerzite.
Bol ambasádorom protitetanového projektu UNICEF, členom rady ministra zdravotníctva, riaditeľom Slovenskej postgraduálnej akadémie medicíny. Po vypuknutí pandémie ochorenia COVID-19 v roku 2020 sa stal členom Permanentného krízového štábu SR.
Profesor Vladimír Krčméry patril medzi laureátov ocenenia Honour of Ekotopfilm. V roku 2008 získal ocenenie Vedec roka za antiinfekčnú liečbu u onkologických pacientov s komplikáciami po cystostatickej chemoterapii. Cenu primátora Bratislavy dostal v roku 2010 a v tom istom roku ho ocenili aj Zlatou medailou Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny.
Ocenenie od združenia Človek v ohrození za prínos krízovým oblastiam sveta, konkrétne za pomoc obyvateľom Haiti postihnutých zemetrasením, dostal v roku 2010. Krištáľové krídlo za filantropiu dostal v roku 2012 a o rok neskôr si prevzal v Malajzii ocenenie za prínos v oblasti medicíny.
