V období, keď vo svete, ale aj na Slovensku začala zúriť pandémia koronavírusu, to bol práve Krčméry, ktorý stál v prvej línii zdravotníkov. Taktiež bol členom Konzília odborníkov a Ústredného krízového štábu, ktorí pomáhali navrhovať proticovidové opatrenia. S výskytom pandémie sa však čoraz častejšie začali medzi verejnosťou šíriť aj nepodložené informácie a hoaxy, ktoré mnoho ráz prerastali do nenávistných prejavov a slovných útokov, ktorých terčom bol aj samotný Krčméry.
V jednom z rozhovorov pre Nový Čas profesor priznal, že nešlo "iba" o verbálne útoky. "Áno, bolo tam niekoľko fyzických útokov, nielen verbálnych, ale aj takých, že na mňa vytiahli zbraň," šokoval pred rokom Krčméry. Situácia bola natoľko vážna, že po porade s políciou pristúpil Krčméry k ráznemu riešeniu - stal sa pendlerom. Býval a pracoval za hranicami, pričom na Slovensku dochádzal vtedy, keď si to situácia vyžadovala. Prísť sa rozhodol v období, keď na Slovensku pribúdalo za jediný deň viac ako 2-tisíc novo infikovaných koronavírusom.
Bezpečnejšie sa začal cítiť až v čase, keď do prípadu zasiahol minister zdravotníctva, policajný prezident, generálny prokurátor a polícia. "Nie je dobré, aby sme sa nechali zastrašiť," uviedol v tom čase Krčméry, ktorého ťažila najmä skutočnosť, že terčom vyhrážok sa stali aj jeho najbližší. "Veľa vyhrážok smerovalo, paradoxne, nie proti mne, ale proti rodine, čo som nepovažoval za férové," priznal s tým, že aj jeho deti sa pre výzvy na ich usmrtenie museli na istý čas zdržovať mimo Slovenska.
