Pôsobil na viacerých slovenských univerzitách, nakoniec v roku 2002 vybudoval súkromnú Vysokú školu zdravotníctva a sociálnej práce sv. Alžbety. Už pri pôsobení na Trnavskej univerzite založil charitatívny projekt v Keni, nemal však toľko financií, koľko potreboval. Práve preto sa rozhodol pre založenie súkromnej vysokej školy.
Tá sa venovala humanitárnej pomoci, misiám i rozvojovej práci pre tretí svet. „Vo viere, že život sa smrťou nekončí, iba mení, sme pevne presvedčení, že jeho dielo nezanikne. Urobíme všetko pre to, aby sme v ňom pokračovali a zachovali jeho odkaz pre svet,“ reagoval terajší rektor Juraj Benca.
Mal 5-krát maláriu
Po založení VŠZaSP sv. Alžbety začali otvárať zahraničné misie pod hlavičkou tejto školy. Profesor Krčméry sa tak mohol začať naplno venovať tomu, čo mu išlo najlepšie - pomoci druhým. Založil úspešný liečebno-charitatívny projekt v Kambodži, detské domovy pre deti z ulice, liečené slovenskými lekármi na HIV. Donedávna vysoká škola sv. Alžbety participovala na 72 rozvojových projektoch v dvadsiatich piatich krajinách sveta.
Krčméry sa významne angažoval aj v roku 2010 pri zemetrasení na Haiti či v Sudáne. „Keď sme prišli do Sudánu, chceli sme kúpiť tamojším deťom sladkosti. Predavačka nám však poradila, že ak im chceme pomôcť, nech im dáme radšej chlieb. Jedli tak hltavo, že im nosom išiel von. To mnou zatriaslo,“ povedal v rozhovore profesor Krčméry.