Čistotu viery strážil po boku Jána Pavla II. ako prefekt Kongregácie pre náuku viery od roku 1981 až do apríla 2005, keď sa stal pápežom. Iba tri mesiace nato umožnil výnimku z nepísaných pravidiel a začal proces blahorečenia Jána Pavla II., ktorý ukončil blahoslavením v máji 2011 na omši vo Vatikáne.
Asi najväčšou aférou počas jeho pontifikátu bolo v roku 2009 prevalenie škandálu pedofilných zločinov, ktorých sa kňazi v Írsku dopúšťali niekoľko desiatok rokov; čoskoro vychádzali najavo podobné prípady z ďalších krajín, vrátane pápežovho rodného Nemecka. Benedikt XVI., ktorý požiadal Boha a obete týchto zločinov za odpustenie, bol tiež obviňovaný, že bol súčasťou zatajovania týchto prípadov ešte pred nástupom na pápežský stolík.
Mnohých pobúril Benedikt XVI. aj tým, že v decembri 2009 podpísal dekrét k blahorečeniu pápeža Pia XII., ktorý pôsobil počas druhej svetovej vojny a bol kritizovaný, že neurobil všetko, čo bolo v jeho silách, aby pomohol zastaviť vyhladzovanie Židov. V tejto súvislosti vzbudilo kritiku aj Benediktovo rozhodnutie z roku 2009 rehabilitovať britského duchovného Richarda Williamsona, ktorý poprel existenciu plynových komôr za holokaustu.
