Ako rozbuška v islamskom svete zapôsobil Benediktov prejav v nemeckom Regensburgu v roku 2006, keď citoval byzantského cisára zo 14. storočia: "Ukážte mi, čo Mohamed priniesol nového, a uvidíte, že sú to samé zlé, neľudské veci ako príkaz šíriť jeho vieru mečom." Situáciu sa potom pápež snažil upokojiť, keď vyjadril ľútosť s tým, že bol "bohužiaľ zle interpretovaný". Navštívil tiež mešity v Turecku, Jordánsku či Izraeli a stretol sa s jordánskym či saudskoarabským monarchom.
Známa je aj aféra Vatileaks, ktorej protagonista, pápežov majordomus Paolo Gabriele, bol v októbri 2012 odsúdený na 18 mesiacov do väzenia za krádež tajných dokumentov, ktoré vynášal z Vatikánu. Na stránkach novín sa tak objavili pápežove súkromné listy či ďalšie dokumenty údajne svedčiace o mocenských šarvátkach cirkevných hodnostárov. K podmienečnému trestu bol odsúdený aj informatik Claudio Sciarpelletti za napomáhanie Gabrielemu. Oboch pápež omilostnil. Na jeseň 2015 prepukla kauza Vatileaks 2, za ktorú dostal španielsky kňaz Lucio Ángel Vallejo Balda trest 18 mesiacov väzenia.
Benediktova rezignácia vo februári 2013 bola napriek tomu prekvapením, stal sa prvou hlavou katolíckej cirkvi, ktorá za posledných takmer 600 rokov zo svojej funkcie odstúpila. Vo vyhlásení vysvetlil, že dospel k presvedčeniu, že z dôvodu veku (v 85 rokoch) už nemá dosť síl na dobré vykonávanie svojej funkcie.
