Išlo o nedostatky personálneho charakteru, ale aj nedostatky týkajúce sa priestorového a materiálno-technického zabezpečenia. Na prevýchovu sú deti často umiestňované do priestorov starých kaštieľov či neúčelných budov po čiastočnej rekonštrukcii. Z hľadiska zabezpečenia ochrany detí i zamestnancov je starostlivosť náročná. Často nie je zaistená vnútorná diferenciácia zariadenia, keďže deti sú umiestňované na jednej chodbe, prípadne poschodiach. V dôsledku toho je ohrozené zdravie a život maloletých.
V žiadnom z reedukačných centier budova neumožňovala zároveň zriadiť oddelenie s ochranným uzatvoreným režimom a oddelenie pre deti vyžadujúce zvýšenú starostlivosť. Viac než 20 percent detí umiestnených v týchto zariadeniach je tam pritom na základe rozhodnutia súdu o uložení ochrannej výchovy. Zároveň v každom reedukačnom centre (RC) bolo potrebné zaistiť deťom s narušeným psychosociálnym vývinom zvýšenú zdravotnú starostlivosť podávaním liekov. ŠŠI o tom informovala na svojej webstránke.
„Vzhľadom na enormný nárast prijímaných detí s ťažkými psychickými, psychiatrickými a ďalšími zdravotnými problémami si situácia vyžaduje zriadenie oddelenia s ochranným režimom a oddelenia so zvýšenou zdravotnou starostlivosťou, čím by sa zvýšil počet pedagogických zamestnancov a posilnila by sa bezpečnosť nielen detí, ale i všetkých zamestnancov RC, ktorých bezpečie a zdravie sú často ohrozované," odporúča ŠŠI. V troch pätinách kontrolovaných špeciálnych výchovných zariadení prevládala uzavretá klíma, ktorá sa vyznačovala vzájomnou nedôverou medzi zamestnancami a ich slabou angažovanosťou.
