Navaľnyj si vo väznici IK-6 vo Vladimírskej oblasti, vzdialenej približne 260 kilometrov východne od Moskvy, odpykáva dva tresty: za porušenie pravidiel podmienečného trestu a za spreneveru.
Ruské úrady ho zatkli v januári roku 2021 po návrate do Moskvy z Nemecka, kde sa v lete roku 2020 liečil z otravy jedom, ktorý európske laboratóriá identifikovali ako nervovoparalytickú látku sovietskeho typu. Navaľnyj z útoku obvinil Putina, čo však Kremeľ poprel.
Navaľnyj bol následne odsúdený na dva a pol roka väzenia za porušenie podmienok predchádzajúceho podmienečného prepustenia, ktorého sa údajne dopustil počas rekonvalescencie v zahraničí. Už pôvodný rozsudok bol Navaľného prívržencami vo všeobecnosti považovaný za nespravodlivý a vynesený na záver procesu v politicky motivovanom prípade.
V marci minulého roka bol Navaľnyj v inom prípade odsúdený na deväť rokov väzenia za spreneveru a pohŕdanie súdom. On i jeho podporovatelia považujú aj tento súdny proces za politicky motivovaný.