Benediktovi XVI. bolo podľa jeho slov jasné, že tieto lekárske obmedzenia je možné dodržiavať len krátko. Preto svoje odstúpenie naplánoval tak, aby ďalšiu rozsiahlejšiu zahraničnú cestu – na Svetové dni mládeže v júli 2013 v Riu de Janeiro v Brazílii – už mohol absolvovať nový pápež.
Benedikt XVI. oznámil 11. februára 2013, že sa dobrovoľne vzdáva pontifikátu. Rozhodnutie zdôvodnil tým, že v dôsledku pokročilého veku už nemá dostatok síl na ďalšie vykonávanie úradu.
Po odstúpení z čela katolíckej cirkvi vyhlásil, že zvyšok svojho života chce stráviť v modlitbách ukrytý pred svetom. Od mája 2013 žil v Kláštore Matky Cirkvi (Mater Ecclesiae), ktorý sa nachádza vo Vatikánskych záhradách. V tomto kláštore emeritný pápež Benedikt XVI. v sobotu 31. decembra vo veku 95 rokov zomrel.