Po Nežnej revolúcii ďalších desať rokov pôsobil na rôznych funkciách vo vojenskom spravodajstve. V roku 1993 sa zúčastnil misie UNPROFOR v bývalej Juhoslávii. Jeho jednotka, ktorej velil, úspešne oslobodila uprostred chorvátsko-srbského ozbrojeného konfliktu skupinu obkľúčených francúzskych vojakov. Za túto misiu Pavel dostal francúzske najvyššie vojenské vyznamenanie, ako aj najvyššie štátne vyznamenanie - Rád čestnej légie za nevšednú odvahu.
Prvé skúsenosti vo vojenskej diplomacii získal ako zástupca vojenského a leteckého pridelenca ČR v Belgicku, Holandsku a Luxembursku. O niečo neskôr sa vrátil k špeciálnym silám ako veliteľ, keď pripravoval prvú jednotku Armády Českej republiky (AČR) vyčlenenej do NATO. Po vstupe Českej republiky do NATO a neskôr do Európskej únie zastupoval AČR na veliteľstvách v holandskom Brunssume, v belgickom Monse a vo vojenskom výbore EÚ.
