Jeho filmy ocenili aj na Grand Prix Unicef a na MFF v Moskve a na MFF v Karlových Varoch. Výročnú cenu Českej filmovej a televíznej akadémie Český lev mu udelili 1. marca 2003.
Sošku leva získal za dlhodobý umelecký prínos pre český film. Českého leva získal aj v roku 2008 za divácky najúspešnejší film Bathory a tiež za výtvarný počin filmu Bathory. Dňa 9. júna 2009 si prevzal Cenu Elsy Morante pre zahraničného režiséra. Za účasti talianskej veľvyslankyne na Slovensku Brunelly Borzi Cornacchia mu ju odovzdala Teresa Triscani, riaditeľka Talianskeho kultúrneho inštitútu v Bratislave. Medailu za zásluhy I. stupňa v oblasti v umenia mu v roku 2016 udelil aj vtedajší český prezident Miloš Zeman.
Juraj Jakubisko bol známy dlhoročnou spoluprácou s talianskou kinematografiou a jej predstaviteľmi, aj preto si vyslúžil pomenovanie "slovenský Fellini", čo on sám považoval za poctu.
Posledným Jakubiskovým filmom je pokračovanie kultovej filmovej rozprávky Perinbaba s názvom Peribnbaba a dva svety, ktorej premiéra bola pôvodne plánovaná ešte pred Vianocami v roku 2019, no pre odklady z dôvodu pandémie koronavírusu sa dosiaľ do kín ešte nedostala. Dej novej Perinbaby nadväzuje na pôvodnú rozprávku.
Ako režisér spolupracoval vo veľkej miere aj s divadlom. Úspech malo v roku 2018 napríklad nové naštudovanie opery - Suchoňovho Svätopluka - pod jeho vedením.
