Slovenský rodák zomrel na následky viacerých zdravotných problémov. Človek s obrovskou charizmou, veľkým srdcom a unikátnym talentom skonal po mesiacoch, počas ktorých ho výrazne trápila vážna diagnóza. V roku 2012 podstúpil transplantáciu srdca, čo ho síce na ďalších 10 rokov vrátilo späť do života, ale podľa informácií Nového Času sa pridružili ďalšie zdravotné komplikácie, ktoré mu postupne uberali sily.
Odišla legenda, ktorá tu po sebe necháva nezmazateľnú stopu. Juraj Jakubisko skonal v piatok krátko pred polnocou po dlhej a náročnej chorobe, kvôli ktorej posledné mesiace svojho života chradol. Smutnú správu o jeho smrti potvrdila pre RTVS dcéra Janette, ktorú má z prvého manželstva s Ľudmilou Vašovou.
Už posledné správy z jesene minulého roka týkajúce sa jeho zdravia neboli veľmi optimistické. Podľa informácií Nového Času bol viackrát hospitalizovaný v nemocnici, dostal niekoľko infarktov a napokon sa malo pridružiť ďalšie vážne ochorenie, ktoré mu malo sťažiť reč. Obetavo sa o neho starala nielen manželka Deana, ale aj jeho milované deti, dcéra Janette a syn Jorik. Svoj boj však nakoniec Jakubisko prehral. Rodina je z jeho odchodu zdrvená a pod ťarchou obrovského žiaľu zatiaľ nevydala žiadne oficiálne vyjadrenie.