Jeho diela poznajú takmer všetky vekové kategórie a rezonovali nielen doma, ale i vo svete. Každý film si v jeho srdci našiel svoje miesto, avšak jeho srdcovkou bola najmä nezabudnuteľná Perinbaba z roku 1985. Práve tú sa rozhodol po mnohých rokoch opäť oživiť jej pokračovaním, avšak jej premiéry sa už, bohužiaľ, nedožil.
„Perinbabkaaaaa“ kričal hlavný hrdina Jakub (nemecký herec Tobias Hoesl, pozn. red.) v Jakubiskovej kultovej rozprávke, ktorá uzrela svetlo sveta v roku 1985. Perinbaba sa odvtedy stala neodmysliteľnou súčasťou našich Vianoc a taktiež neoddeliteľnou súčasťou srdca svojho tvorcu. Jakubisko sa preto rozhodol dať Perinbabe nový šat s názvom Perinbaba a dva svety a opäť tak oživiť tento krásny príbeh.
Jurajovi trvalo niekoľko rokov, kým sa mu podarilo vytvoriť a vyšperkovať nové nádherné dielo. Aj keď je o ňom známe, že už počas nakrúcania išlo v jeho prípade o predpremiéru, o ktorej mal už dávno predtým jasnú predstavu, vidieť svoj počin na premiére v kine za potlesku divákov mu už dopriate nebolo. Premiéra sa totiž neustále odďaľovala kvôli zúriacej pandémii koronavírusu. Diváci mali novú Perinbabu vidieť ešte pred Vianocami 2019. V roku 2020 museli premiéru dvakrát odložiť a ďalšia plánovaná na december 2021 bola pre pandémiu tiež zrušená.