Svoje city prejavil v živote štyrom ženám, ktoré si na svoju stranu získal svojím humorom, múdrosťou a šarmantnosťou. Jeho láska však patrila aj milovanej dcére Janette, ktorá vzišla z manželstva s právničkou Ľudmilou Vašovou.
Prvou láskou Jakubiska bola Giovanna Roklová, neskôr manželka klaviristu Karla Gotta († 80) Rudolfa Rokla. Slovenský režisér Giovannu pravidelne kreslil na plátno a zachytával jej krásu ešte počas štúdia na vysokej škole. S Jakubiskom a jeho druhou ženou to však nemala ani po rokoch jednoduché.
„Deana na mňa spočiatku žiarlila. Ona je horká krv. Potom sa ale všetko urovnalo. Keď som ovdovela, chodila som k nim na sviatky. V piatok v noci, keď mi volala, že Jurajko zomrel, plakali sme spolu,“ povedala Roklová pre Blesk. Neskôr s Jurajom randila sexbomba Olga Schoberová. V kuloároch sa šepkalo, že Juraja na Olge lákalo to, že je vydatá. Dvojica sa mala pravidelne stretávať na chate speváčky Marty Kubišovej.
Prišiel však rok 1975 a Jakubisko sa ako 37 ročný oženil s právničkou Ľudmilou Vašovou, ktorá mu dala dcéru Janette. Manželstvo stroskotalo po 9 rokoch. Neprešli ani dva roky a Juraj už navliekal prsteň na ruku svojej osudovej láske, herečke Deane Horváthovej. Priatelia ich odhovárali, že im to spolu klapať nebude, že sú výbušné povahy. „Povedal som jej, že s ňou pôjdem aj do pekla. A stalo sa,“ prezradil v minulosti Jakubisko pre Český rozhlas. Dvojici to vydržalo 40 rokov. Na svet priviedli syna Jorika a Deana pri legende filmu stála do jej posledného výdychu.
