Samotné vyhlásenie národného parku bude predmetom osobitného postupu, ktorý sa začína predrokovaniami so zástupcami samospráv, štátnymi či neštátnymi vlastníkmi pozemkov. Bude prerokovaný aj na okresných úradoch so všetkými vlastníkmi, obhospodarovateľmi a správcami dotknutých pozemkov. Na základe toho bude podľa MŽP sfinalizovaný návrh nariadenia, ktorým sa vyhlási národný park a jeho zóny.
NP Podunajsko, ktorý by mal vzniknúť na juhozápade Slovenska, by mal mať 18.000 hektárov. Vyhlásený by mal byť na území zasahujúcom do okresov Bratislava II, Bratislava IV, Bratislava V, Senec, Dunajská Streda, Komárno a Nové Zámky, predovšetkým v hraniciach existujúcich chránených území. Išlo by o prvý národný park nížinného typu a stal by sa tak desiatym národným parkom na Slovensku.
Zámer je dôležitý z hľadiska ochrany prírody aj z hľadiska ochrany vodných zdrojov v tomto území. NP Podunajsko by nadviazal na existujúce národné parky v susedných štátoch v Rakúsku a Maďarsku.
