Krátko po vypuknutí prvej svetovej vojny sa stal v roku 1914 mimoriadnym profesorom, ale prakticky vzápätí odišiel dobrovoľne na front prvej svetovej vojny, kde slúžil ako lekár. Po prekonaní infarktu sa v roku 1916 vrátil domov a po skončení vojny nastúpil na pozíciu prednostu neuropsychiatrického oddelenia Vojenskej nemocnice v Prahe. Stal sa tiež členom štátnej komisie pre vojenských invalidov a súdnym znalcom. V roku 1921 habilitoval z neuropatológie a vymenovali ho za riadneho profesora neurológie a psychiatrie na pražskej Univerzite Karlovej.
Jeho prínos v odbore psychiatrie a neurológie je výrazný. Uznanie si zaslúžia jeho vedecké práce O psychickej infekcii a o podstate hystérie (1904), O prognóze akútnych psychóz (1905) a Amaurotická idiotia (1918). Neurológ a psychiater prof. MUDr. Jan Janský zomrel 8. septembra 1921 vo veku 48 rokov v Černošiciach pri Prahe na ťažkú srdcovú chorobu.
Jan Janský bol veľkým propagátorom darovania krvi. Na jeho počesť získavajú dobrovoľní darcovia krvi na Slovensku ocenenie s jeho menom - Janského plakety, ktoré sa udeľujú od roku 1960. Počas tohto obdobia nimi ocenili viac ako 350.000 darcov krvi. (V Českej republike dostávajú dobrovoľní darcovia krvi Medailu prof. MUDr. Jana Janského). Janského plakety sú štyri - bronzová (za desať odberov), strieborná (za dvadsať odberov), zlatá (ženy za tridsať odberov, muži za štyridsať odberov) a diamantová (ženy za šesťdesiat odberov, muži za osemdesiat odberov).
Janského životné osudy a dielo zachytáva životopisný film Tajomstvo krvi, ktorý natočil v roku 1953 režisér Martin Frič v hlavnej úlohe s Vladimírom Rážom.
