Teórie o Orlandiovej zmiznutí sa rôznia. V 80. rokoch talianske médiá špekulovali, že bola obeťou únosu, ktorým sa malo dosiahnuť prepustenie Turka Mehmeta Aliho Agcu, odsúdeného za pokus o atentát na pápeža Jána Pavla II.
Ďalšie teórie ju spájali s hrobom Enrica De Pedisa, mafiána pochovaného v rímskej bazilike. Jeho hrobka bola otvorená v roku 2012, ale jej skúmanie viedlo k prehodnoteniu podozrenia o spojitosti medzi zmiznutím dievčaťa a rímskym zločineckým klanom.
V roku 2019 dostala rodina Orlandiovcov anonymný list, v ktorom sa píše, že Emanuelino telo by mohlo byť medzi telami pochovanými v hrobe na Teutónskom cintoríne pri hradbách Vatikánu.
Následne boli otvorené dve hrobky, nič sa však nenašlo, dokonca ani kosti dvoch nemeckých princezien, ktoré tam podľa záznamov pochovali v 19. storočí, píše agentúra Reuters. Ich pozostatky zrejme premiestnili počas prác, ktoré sa uskutočnili desaťročia pred Orlandiovej narodením.
