"Je pravda, že používam v komunikácii často expresívne výrazy, nie som svätec, ale nie som vrah," zdôraznil. Dodal, že tam, kde je nedostatok dôkazov, pracuje obžaloba najmä s emóciami. "Verím, že rozhodnete na základe nespochybniteľných faktov a dôkazov," odkázal Kočner sudcom.
Pred senátom Špecializovaného trestného súdu (ŠTS) povedal, že obvinenie v kauze Donovaly mu nebolo vznesené na základe Kuciakovho článku. Písanie Kuciaka o jeho osobe podľa neho nevybočovalo z bežného rámca iných médií. Zdôraznil, že nikdy neriešil spory s novinármi násilím.
Tvrdil, že sa kľúčový svedok Zoltán Andruskó rozhodol obchodovať so spravodlivosťou. To, že svedok vypovedal o príprave vrážd súčasného generálneho prokurátora Maroša Žilinku až niekoľko mesiacov po zadržaní, má podľa Mariana Kočnera dokazovať jeho nevinu.
V prípade Kuciakovej vraždy z februára 2018 súd rozhoduje o vine Mariana Kočnera a Aleny Zsuzsovej ŠTS ich pôvodne oslobodil spod obžaloby, ale Najvyšší súd SR vrátil v máji 2021 prípad prvostupňovému súdu. Ten následne spojil do jedného konania aj kauzu prípravy vraždy prokurátorov. Pojednáva sa od apríla 2022.