Za problematické prezidentka považuje aj zmeny v súvislosti s paragrafom 29 zákona o EIA, upravujúcim zisťovacie konanie: "Proti rozhodnutiu vydanému v zisťovacom konaní, v ktorom príslušný orgán určil, že sa navrhovaná činnosť alebo jej zmena bude posudzovať podľa tohto zákona, nemožno podať odvolanie."
Zákon o EIA neobsahuje osobitnú právnu úpravu odvolania, a preto sa pri ňom vychádza zo správneho poriadku. Vylúčenie pôsobnosti správneho poriadku v spomínanom paragrafe podľa hlavy štátu fakticky znamená úplne vypustenie možnosti podať odvolanie voči akémukoľvek rozhodnutiu vydanému v zisťovacom konaní, pričom práve rozhodnutie v zisťovacom konaní obsahuje určenie, či sa navrhovaná činnosť alebo jej zmena má posudzovať podľa zákona o EIA. Ide tak o kľúčovú časť celého procesu.
"Trendom v európskej judikatúre je rozširovanie procesných záruk dotknutej verejnosti vo vzťahu k posudzovaniu vplyvov na životné prostredie a participácie v správnych alebo súdnych konaniach," upozornila prezidentka. Schválený zákon však obsahuje viacero zmien, ktoré podľa nej znižujú súčasný štandard participácie verejnosti v konaní o posudzovaní vplyvov na životné prostredie.
Výhrada prezidentky smeruje aj k ustanoveniu Slovenskej inšpekcie životného prostredia ako príslušného orgánu pre integrované konanie. Tento prevod agendy nie je podľa nej zdôvodnený a ani nie je zrejmé, ako je uvedený orgán na prevzatie agendy kapacitne pripravený.
V neposlednom rade hlava štátu namieta aj neurčitosť predmetnej právnej úpravy, keďže napríklad jeden článok schváleného zákona upravuje osobitosti integrovaného konania a v ostatnom sa odvoláva na aplikáciu zákona o EIA a zákona o výstavbe.
