Rupnikov prípad Vatikán aj jezuitský rád vnímali veľmi citlivo pre podozrenia, že sa s ním zaobchádza prednostne. Pápež František je totiž jezuita a jezuitskí kňazi majú vysoké funkcie v úrade pre sexuálne zneužívanie.
Františkova úloha v prípade vyvolala pochybnosti vzhľadom na nezvyčajne rýchly obrat po Rupnikovej exkomunikácii, ktorú mu za menej než mesiac zrušili.
Pápež však v januárovom rozhovore pre AP poprel, že by sa akokoľvek podieľal na riešení tohto prípadu. Dodal, že bol šokovaný obvineniami voči Rupnikovi, s ktorým si bol údajne blízky.