FSEÚ je hlavným nástrojom EÚ na obnovu po prírodných katastrofách. Podporuje členské štáty a kandidátske krajiny tým, že im ponúka finančný príspevok po vážnych prírodných katastrofách a od apríla 2020, z dôvodu pandémie ochorenia COVID-19, aj pri závažných zdravotných krízach.
V prípade prírodných katastrof môžu byť financie použité na nevyhnutné úkony zo strany verejných orgánov, ako je oprava poškodenej infraštruktúry, ochrana obyvateľstva, zabezpečenie preventívnej infraštruktúry a ochrana kultúrneho dedičstva. V období od roku 2002 do konca roku 2022 FSEÚ zmobilizoval viac ako 8,2 miliardy eur na zásahy pri 127 katastrofách (107 prírodných katastrof a 20 zdravotných núdzových situácií) v 24 členských štátoch EÚ, Spojenom kráľovstve (vtedy členskom štáte) a troch pristupujúcich krajinách (Albánsko, Čierna Hora a Srbsko).
