Policajný exprezident čelí návrhu na podanie obžaloby pre zločin zneužívania právomoci verejného činiteľa v súbehu so zločinom marenia spravodlivosti. Podozrivý je zo zmarenia prebiehajúceho zásahu zadržiavania, ako aj vykonania trestnoprocesných úkonov s osobami Matejom Zemanom a Petrom Petrovom. Prokurátor Krajskej prokuratúry v Bratislave o návrhu vyšetrovateľa Úradu inšpekčnej služby rozhodne po tom, čo sa s nim oboznámi.
Kovařík bol od septembra 2020 poverený dočasným riadením Policajného zboru. Koncom januára 2021 ho po výberovom konaní do funkcie prezidenta Policajného zboru vymenoval vtedajší minister vnútra Roman Mikulec. K 15. septembru 2021 sa vzdal funkcie.