Keď 25. augusta predložil Šimon návrh československej delegácie, sovietske vedenie ho ostro odmietlo. Do Moskvy prileteli ďalší funkcionári z ČSSR. Napokon bol Moskovský protokol podpísaný 26. augusta, Dubček svoj podpis pripojil ako posledný. Kriegel dodržal sľub a protokol nepodpísal.
V dokumente vyhlásili obe strany vernosť socializmu. Sovietska strana prisľúbila, že sa príslušníci jej vojenských jednotiek nebudú miešať do záležitostí ČSSR, budú umiestnení v kasárňach resp. iných vojenských priestoroch a akonáhle pominie hrozba pre socializmus, budú vojaci postupne odsunutí domov.
Sovietska strana prepustila aj Františka Kriegela, keď Dubček, Černík a Smrkovský vyhlásili, že bez neho neodletia späť do Prahy. Následne už 31. augusta Ústredný výbor KSČ prijal Moskovský protokol ako jediné možné východisko zo situácie. Parlament schválil 18. októbra za neprítomnosti asi pätiny poslancov Zmluvu o podmienkach a dočasnom pobyte sovietskych vojsk na území ČSSR. Z 242 prítomných hlasovalo za 228, zdržalo sa 10 poslancov, štyria boli proti – František Kriegel, František Vodsloň, Božena Fuková a Gertruda Sekaninová-Čakrtová.
V rozpore s Moskovským protokolom sa dočasný pobyt sovietskych vojsk predĺžil až do roku 1991. Z ČSSR odišli až po Nežnej revolúcii, čo pripomína 21. jún ako Deň odchodu okupačných vojsk sovietskej armády, tak ako 21. august je Dňom obetí okupácie Česko-Slovenska v roku 1968.
