Dospelé tučniaky cisárske sa vydávajú na morský ľad okolo marca, keď sa na južnej pologuli blíži zima. Vtedy prebieha ich obdobie pytačiek a párenia; vtáky kladú vajcia na ľad, sedia na nich, kým sa nevyliahnu mláďatá, a v nasledujúcich mesiacoch ich kŕmia. To sa deje dovtedy, kým nie sú mladé tučniaky schopné samostatného života, zvyčajne v decembri alebo januári. Vedci však pozorovali, že morský ľad sa pod mladými tučniakmi rozpadol už v novembri, teda v čase, keď tisícom mláďat ešte nedorástlo perie, ktoré im umožňuje plávať v oceáne. Štyri z piatich kolónií nemali žiadny prírastok.
Morský ľad v okolí Antarktídy v posledných rokoch rýchlo klesá, pričom najhoršia situácia bola v antarktických letách 2021/2022 a 2022/2023, keď ľadová pokrývka z Bellingshausenského mora prakticky zmizla.
Medzinárodná únia na ochranu prírody (IUCN) v súčasnosti zaraďuje tučniaky cisárske medzi "takmer ohrozené" druhy. Existujú návrhy, že by mali byť zaradené do zoznamu "zraniteľných" druhov, pretože ich biotop je ohrozený zmenou klímy.
