NIVaM sa vo svojej reakcii ohradil voči "nepodloženým tvrdeniam a subjektívnemu spochybňovaniu kvality" inštitútu, ktorý je zo strany SKU spochybňovaný od začiatku vzniku. Podotýka pritom, že zlúčením organizácií vznikla synergia v poskytovaných službách školám, pedagogickým a odborným zamestnancom.
Platy sú podľa inštitútu poskytované v zmysle zákona a aktuálna priemerná výška platu vedúceho zamestnanca je 2870 eur. "Výška platov 'malej skupiny vedúcich zamestnancov', na ktorú sa SKU zamerala, je adekvátna vzhľadom na výkon pracovných činností za uvedené obdobie. V rámci vysokých manažérskych pozícií v SR je bežná," odkazuje.
Odmeny mali reflektovať "mimoriadne náročné pracovné úlohy" pri zlučovaní piatich rezortných organizácií a zabezpečení úloh bez ohrozenia kurikulárnej a inkluzívnej reformy v rámci Plánu obnovy a odolnosti SR.