Časť výhrad prezidentky smeruje k zmene spôsobu menovania a odvolania predsedov Štatistického úradu SR a Úradu pre dohľad nad zdravotnou starostlivosťou. Zákonodarca sa podľa prezidentky nevyrovnal s požiadavkou ústavy, podľa ktorej vyšších štátnych funkcionárov menuje prezident a štátnych funkcionárov vymenúva vláda. Hlava štátu má výhrady i k novozavedeným dôvodom odvolania oboch funkcionárov, Čaputová v nich vidí ohrozenie nezávislosti oboch orgánov voči vládnej moci. Upozorňuje tiež na retroaktivitu zákona. "Môže sa uplatniť aj na súčasných predsedov oboch orgánov vymenovaných podľa doterajších predpisov, čím dochádza k ústavnému nesúladu s princípom právnej istoty," vysvetlila.
Hlava štátu tiež namieta zaradenie Slovenskej informačnej služby (SIS) a Úradu pre reguláciu sieťových odvetví (ÚRSO) medzi ústredné orgány štátnej správy. Výhrady prezidentky smerujú k spôsobu, akým zmenu právna úprava schválila a akým sa má uviesť do právneho života. "Ide o prijatie zásadnej zmeny postavenia SIS a ÚRSO, ktorá prebehla bez diskusie s dotknutými orgánmi, bez medzirezortného pripomienkového konania a bez zohľadnenia všetkých legislatívnych dosahov na práva a povinnosti týchto orgánov v praxi," objasnila. Neprediskutovaná a dostatočne nepripravená zmena môže podľa nej spôsobiť problémy v praxi.
